Der Erwerb eines Abschlusses ist an der Franziskusschule abhängig von Kurszuweisungen in den Fächern Deutsch, Mathe, Englisch und Chemie sowie den Endnoten im Abschlusszeugnis.
Erreicht werden kann in Klasse 9 der Förderschulabschluss im Bereich Lernen sowie den Hauptschulabschluss nach Klasse 9. In Klasse 10 kann man den Hauptschulabschluss nach Klasse 10, den Realschulabschluss oder den erweiterten Realschulabschluss erreichen. Der erweiterte Realschulabschluss ermöglicht dann den Besuch einer gymnasialen Oberstufe.